重庆京剧院历史悠久，前身是著名琴师、戏曲艺术教育家厉彦芝先生1934年在上海创办的“更新舞台童伶班”，于1936年正式定名“厉家班”，1938年因抗战迁入重庆，1949年经过民主改革，1951年成立重庆一川大戏院工会，1955年成立重庆京剧团，1956年5月，“厉家班”整体转为国营建制，定名重庆市京剧团。2005年，中宣部、文化部全国重点京剧院团评估验收中，重庆市京剧团排名11位，列省级重点院团第一名，2007年重庆市京剧团划归重庆红岩联线文化发展管理中心，2011年重庆市京剧团转企改制，成立重庆市京剧团有限责任公司。2014年重庆市京剧团重新归属重庆市文化委员会直属管理，2020年12月更名为重庆京剧院有限公司。
重庆京剧院实力雄厚，八十多年来，涌现了以厉派艺术创始人厉慧良为代表的“厉家五虎”、“慧氏三杰”及沈福存、朱福侠、秦慧芬、孙志芳、刘成煌、张军强、程联群、周利等一大批艺术家和著名演员，以团带班式传承培养了“慧字科”、“福字科”等六代京剧艺术人才，创编上演了700余部（折）不同题材的优秀传统剧目和新编现代剧目，获得过各类全国性奖项100余项。形成了独特的舞台艺术风格，成为推动新中国重庆舞台艺术发展繁荣兴盛的中坚力量。
2021年01月18日，重庆市京剧团发布消息，经重庆市文化和旅游发展委员会批准，重庆市京剧团正式更名为重庆京剧院。