内蒙古艺术剧院京剧团前身是内蒙古自治区京剧团，于1960年8月在呼和浩特市成立，1963年、1969年先后与包头市京剧团、内蒙古东风京剧团合并，形成了一支由蒙、汉、满、回等多民族组成的具有高艺术水准的京剧演出团体，活跃在祖国北疆。剧团曾先后拥有著名京剧表演艺术家李万春、李庆春、李小春、鲍绮瑜、曹毅林、刘玉林、吴荣喜、孟祥洪、李继春等，著名编导赵纪鑫、李仲鸣。
京剧团成立60年来，先后排演了近百出京剧传统剧目并创作演出了《草原小姐妹》《气壮山河》《北国情》《甘泉》《草原母亲》《大漠昭君》《大盛魁》等一大批具有浓郁民族特色和鲜明时代精神的新编历史剧与现代戏。其中，现代京剧《草原母亲》参加第三届中国京剧艺术节，荣获了优秀剧目奖和优秀表演奖、优秀唱腔设计奖、表演奖等5个单项奖，之后又拍摄了京剧电影《草原母亲》和交响京剧《草原母亲》，形成了《草原母亲》三部曲。
2003年，舞台版《草原母亲》获得中宣部第九届精神文明建设“五个一工程”奖和自治区第八届“五个一工程”特等奖；京剧电影《草原母亲》获第九届中国电影“华表奖”优秀戏曲片提名和内蒙古自治区第九届精神文明建设“五个一工程”奖入选作品。
2008年10月，新编京剧《大漠昭君》参加第五届中国京剧艺术节荣获优秀剧目奖。
2019年9月，《大盛魁》获内蒙古自治区第十四届精神文明建设“五个一工程”优秀作品奖；同年12月，获内蒙古自治区第十二届文艺“萨日纳”戏剧剧目奖。
1984年至1988年京剧团先后赴罗马尼亚、匈牙利、德国、瑞士、比利时、荷兰和日本等国家演出，受到国际友人的高度赞誉。
2005年京剧团被国家文化部评为全国省级重点京剧院团。